香港中央結算有限公司
香港联交所下面的清算公司主要是香港中央结算有限公司（Hong Kong Securities Clearing Company Limited，HKEX），它是香港交易所全资设立的附属子公司，负责联交所现货交易的结算与交收。香港中央结算有限公司运营中央结算及交收系统（CCASS），处理 99% 以上的港股交收，同时还提供证券托管、名义持有及代理人服务。此外，香港联交所旗下还有联交所期权结算所，负责期权交易的结算业务。
香港期貨結算有限公司
香港期貨結算有限公司 (簡稱“期貨結算公司“) 及香港聯合交易所期權結算所有限公司 (簡稱“聯交所期權結算所“)，分別為香港期貨交易所有限公司及香港聯合交易所有限公司 (統稱“交易所“) 之衍生產品合約的結算所。於交易所交易的衍生產品合約包括股市指數期貨及/或期權，股票期貨及/或期權、利率期貨、貨幣期貨及商品期貨。有關兩間結算所結算的最新產品名單，可瀏覽香港交易所網頁內的產品資料。期貨結算公司及聯交所期權結算所是結算參與者的中央對手方，並保證達成之交易的交收。此外，兩間結算所亦提供包括後交易管理、持倉管理、行使及指定分配等結算服務。
香港場外結算有限公司
香港交易所成立香港場外結算有限公司（場外結算公司），用以提供場外衍生產品的結算服務。香港交易所持有場外結算公司已發行股本總額84.14%，而餘下15.86%則由無投票權股東所持有。場外結算公司現正提供結算會員間直接交易的利率掉期（IRS）產品、不交收遠期外滙合約（NDF）、交叉貨幣掉期（CCS）及外滙合約（DFX）的結算服務。